内部代理协议（Inter-Agency/Intra-Agency Agreements）
Y01 NIH代理间协议--NIH Interagency Agreements，资助HHS以外的政府机构进行研究或特殊产品开发。
Y02 NIH代理内部协议--NIH Intra－agency Agreements，资助NIH内部其他机构或HHS其他部门进行研究或产品开发。
另外，NIH 尚有S系列研究相关资助项目（research-related programs）。
NIH基金的申请及评审系统
1.申请
首先，申请人应按要求将申请书填写正确。项目标书可向NIH索取，由NIH集中邮寄到各研究所办公室，也可直接自NIH网站下载。PHS的项目标书称为PHS398，PHS416-1等，内有申请指南及受理日期，某些特别受理日期还会登在项目声明 (Program Announcement，PA)、申请须知(Request For Application，RFA)或NIH基金与合同指南（The NIH Guide For Grants And Contracts）中的项目指南上，也可在GrantsInfo(301)435-0714查询。NIH的大多数基金项目每年受理3次：2月1日、6月1日及10月1日。所申请的项目可以很小，也可高达数百万美元；既可以是比较实用的诊断方法或新治疗手段，也可以是对生物基本生命过程的研究，甚至多年内看不到实用价值的基础性研究。
2.评审
NIH有一套严格而成熟的评审体系(the Peer Review System)，分2个层次(二级评审制度)，申请书的学术评审与基金资助是分别独立进行的。
申请书填写完毕后先送交NIH的科学评审中心(the Center for Scientific Review，CSR)，由CSR的工作人员根据申请书的研究内容等选择最适宜的初评专家小组和最对口的资助研究所或研究中心，并进行编号，然后送往相应领域的科学评审小组(an Scientific Review Group，SRGs，或study sections)， 就其科学性和技术问题进行审核。SRGs是申请书评审的主要负责部门，是该评审系统的核心，主要由各研究领域或医学专业著名的非政府科学家组成，成员一般16～20人，由相应的科学评审管理官员 (a Scientific Review Administrator，SPA)负责管理。目前，CSR大约有125个SRGs，负责大多数个人申请项目（如R01）的评审。各评审专家在会审之前要对每份申请书单独审阅，其中2～3位专家还要求准备书面意见。对申请书的评审主要有以下几方面的标准：项目的重要意义、项目的创新性、研究方法与研究目标的符合性、申请人的资格及工作背景、工作条件和学术环境。对于非常有竞争力的近半数申请书会做进一步的充分讨论，并就其学术性给予定量评分。
评审的第二步是送交NIH各研究所或研究中心的国家顾问委员会(the National Advisory Boards or Councils)。委员会由科学家和关注健康问题的各界代表组成，成员一般12～18人，对通过一审的申请书就其整体水平、研究目的、资助单位的基金预算及SRGs的一审意见进行全面审核。
R&D合同基金申请书的内容必须符合RFP(the Request for Proposal)中政府所作的规定，因此其评审过程与普通申请书不同，要经过多方审阅。一般先由各研究所的项目管理人员根据院外顾问专家的意见生成初步研究计划，经NIH的项目管理人员完善后才形成正式RFP，就申请人应该完成的工作做出明确规定。为了让科学界尽可能广泛的了解情况，通常会刊登在每日商报（the Commerce Business Daily）或通过其他渠道公示。申请书上报后，由以非政府科学家组成的技术评审小组根据RFP的要求对其进行审核。根据评审专家的意见及NIH管理人员的意见决定申请者是否具有竞争力，是否需要进行面审。面审后，申请者要重新提交最后的、最佳修改方案，只有最符合政府要求的方案才可得到资助。极少数情况下，各研究所也会对符合NIH特殊项目要求的非招标申请书进行资助。
对NIH院内研究项目、计划和申请人的评审则由相应的科学顾问理事会(Boards of Scientific Counselors)负责。理事会由各研究领域成就卓著的非政府科学家组成，对在研项目、申请项目及NIH科学家的工作和成绩进行评价。理事会肩负双重责任，不仅要对研究项目和研究人员进行专业学术评估，对各研究所的院内工作也要给予综合评价。
从递交申请书到最终确定资助对象要经过上述两级评审过程，一般至少需要9个月的时间，特殊情况下最快也要6个月。
任何项目必须通过二审才可资助。二审后，申请人可能会得到资助通知，也可能允许修改后再次申请。目前NIH的资助率为1/3。
除了对申请书进行评审之外，会审专家组的另一任务是在评审结束后将各领域的相对资助率进行综合，平衡各研究领域的资助力度，因而，每个会审专家组的组成和变化都会对NIH各资助领域产生重要影响，正因为如此，NIH对会审专家组的任何变动都持极为谨慎的态度。
每年NIH大约要评审43400份研究和培训项目。据最新数据显示，NIH 正在资助的项目多达46700项，涉及美国国内外各主要大学、医学院校和其他研究及培训机构。
NIH的评审系统：申请人提交申请书，每年大约有35000份→ 评审专家就申请书的学术问题进行审阅 → 评审专家及公众代表对申请书进一步审核，确定资助对象 →最终仅32%的申请人能够最终获得资助。
院内研究项目(The Intramural Research Programs) 仅占NIH总预算的少部分，限NIH内部使用。主持NIH 院内研究的主力军都是世界一流的科学家，他们跨院所、跨学科相互合作，在NIH的实验室里自由探索科学问题，内容涉及生物学基础、行为学研究、疾病治疗等各个方面。
NIH的院外研究项目（The Extramural Research Programs）遍布美国各州及国外最重要的大学和医学院校，研究领域涉及生物医学的各个方面。
目前，从事NIH 院外和院内研究项目的雇员共有18000名，院内职员主要包括院内科学家、医生、牙科医生、兽医、护士、实验室工作人员、行政管理人员、其他辅助人员及不断更新的进修研究人员，其中4000多人是专业科研人员。科学的进步主要依靠科学家的努力，因此，NIH对研究人员的培训投以巨资，现在仍有大约50000名杰出的研究人员正在接受博士研究生（research doctorate degrees）的培训。
NIH的基金预算
毫无疑问，美国的医学能有今天的成就，除了应归功于科学家们自由探索的精神和医学院校良好的教育外，全力支持的国会和热心的公众也做出了巨大贡献。