NIH的27个研究所及研究中心是(后为名称缩写及创建日期)：
1. 国立肿瘤研究所(National Cancer Institute，NCI) — 1937
2. 科学评审中心(Center for Scientific Review，CSR) — 1946
3. 国立心、肺、血液病研究所(National Heart， Lung， and Blood Institute，NHLBI) — 1948
4. 国立眼科研究所(National Eye Institute，NEI) — 1968
5. 国立人类基因组研究所(National Human Genome Research Institute，NHGRI) — 1990
6. 国立药物滥用研究所(National Institute on Drug Abuse，NIDA) — 1974
7. 国立老化研究所(National Institute on Aging，NIA) — 1974
8. 国立环境卫生研究所(National Institute of Environmental Health Sciences，NIEHS) — 1966
9. 国立酒精滥用与中毒研究所(National Institute on Alcohol Abuse and Alcoholism，NIAAA) — 1970
10. 国立综合医学研究所(National Institute of General Medical Sciences，NIGMS) — 1963
11. 国立变态反应与感染性疾病研究所(National Institute of Allergy and Infectious Diseases，NIAID) — 1948
12. 国立精神卫生研究所(National Institute of Mental Health，NIMH) — 1946
13. 国立关节肌肉骨骼及皮肤病研究所(National Institute of Arthritis and Musculoskeletal and Skin Diseases，NIAMS) — 1986
14. 国立神经病学与卒中研究所(National Institute of Neurological Disorders and Stroke，NINDS) — 1950
15. 国立儿童健康与人类发育研究所(National Institute of Child Health and Human Development，NICHD) — 1963
16. 国立护理医学研究所(National Institute of Nursing Research，NINR) — 1986
17. 国立耳聋与其他交流障碍性疾病研究所(National Institute on Deafness and Other Communication Disorders，NIDCD) — 1988
18. 国立医学图书馆(National Library of Medicine，NLM) — 1968年归属NIH
19. 国立口腔与颅面研究所(National Institute of Dental and Craniofacial Research，NIDCR) — 1948
20. 国立研究资源中心(National Center for Research Resources，NCRR) — 1956
21. John E. Fogarty国际中心(John E. Fogarty International Center，FIC) — 1968
22. 国立糖尿病消化与肾病研究所(National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Diseases，NIDDK) — 1950
23. 国立补充与替代医学研究中心(相对于常规医学疗法而言，National Center for Complementary and Alternative Medicine，NCCAM) — 1993
24. 国立生物医学影像学与生物工程学研究所(National Institute for Biomedical Imaging and Bioengineering，NIBIB) — 2000
25. Warren Grant Magnuson临床医学中心(Warren Grant Magnuson Clinical Center，CC) — 1953
26. 信息技术中心(Center for Information Technology，CIT) — 1964
27. 国立少数民族健康与健康水平差别研究中心(National Center for Minority Health and Health Disparities，NCMHD) — 1990
任务、政策和资助对象
NIH创建之初并不叫NIH，现在的NIH是在二战结束后不久形成的。
二战后，美国逐渐认识到科学造福人类的重要性，支持健康研究成为公众和国会热心资助的焦点。1938年，在马里兰州Bethesda设立了NIH总部后，NIH的院内研究项目（the NIH intramural research program）开始启动，从事研究的是政府的科学家；1946年，随着战时政府将与各大学、医学院校的医学研究协议转由NIH接管，并改为基金形式资助， 院外研究项目（the NIH extramural research program）也正式启动，从而确立了美国各大学、医学院校的注册科学家（enlisting scientists）在国家疾病与健康研究方面的重要地位。
院外研究项目启动不久，NIH就意识到应该建立一个审阅和资助高质量申请项目的管理系统。很快，主要由非政府科学家组成的NIH评审系统（the NIH peer review system）正式形成，负责对申请标书的学术问题进行审阅。
支持科学研究不单是资助单个研究项目，更重要的是要有完善的研究设施。因此，自1947年开始，NIH的研究基金中就包含了对研究机构的补偿基金，以维持研究设备的运行和基金管理。创建新的实验室、培训未来的研究人员也是政府基金资助的既定目标之一。
位于Bethesda 总部的院内研究项目最初定位于基础实验研究，1953年，成立了研究性医院—临床医学中心（Clinical Center），旨在促进实验室发现进入临床实践，也为临床发现进入实验室研究提供了一个基地。既资助实验室研究也资助临床研究也成为NIH基金资助的既定方针之一。
由于能够有机会得到资助，美国越来越多的研究人员（他们中许多都在Bethesda总部受过培训）开始投入到基础和临床研究中去，并向NIH申请资助。在其后的20年里，国会对NIH的资助力度明显加大，新的资助项目也不断涌现。由于某些医学研究领域需要优先得到资助，因此不断有新的研究所创建。
经过百余年的奋斗，NIH已经成为世界最具影响力的医学研究和管理机构，其任务是探索生命本质和行为学方面的奥秘，并充分运用这些知识延长人类寿命，预防、诊断和治疗各种疾病和残障，从极罕见的遗传性疾病到普通感冒均在其研究范围之内。为此，NIH不仅有下属实验室从事医学研究，还全力支持各大学、医学院校、医院等的非政府科学家及其他国内外研究机构的研究工作，并协助进行研究人员培训、促进医学信息交流。
对于目前和未来的资助内容和方向，NIH并没有详细和确切的规定。但是鉴于医学研究在战胜疾病、改善国民健康状况方面的重要性，以及有大量需要资助的研究项目和优秀的研究人员，因此NIH必须要制定资助策略和选择资助对象。