历史证明没有哪件事情优先于或永远优先于其他事情，包括某种疾病、某个研究人员、研究所或研究方法。从法律上讲，NIH的27个研究所及研究中心，每一个都需要资助，而每一个都肩负重任，或研究某种疾病或某类疾病，或解决人类健康与生活方面的某个问题，或研究某器官，或涉及范围较大的技术研究领域等。由于各研究所单独从国会获得年预算拨款，因此它们可在各自领域自主决定优先资助对象和制定预算方案。

　　从总统提议到国会最后通过预算决案，整个过程要求各研究所都要明确在众多的科研领域中如何分配基金—包括研究人员启动基金、院内研究项目以及研究培训等。各研究所还要决定哪些申请项目应该得到资助，哪些项目应该加大投入。最后，经过综合分析，确定某个学科或某种疾病应该得到多少资助。但是，对于某种疾病的研究并非仅限于某特定研究所；将如此大的基金完全合理的分配到各疾病的研究中去极为困难，而且，某项研究最终出来的可能是另一领域的研究成果，谁也无法确定下一个重要发现将会出现在哪个领域。因此，对某种疾病或研究领域很难决定确切的资助金额、拨款比例或启动项目。

　　但是，认识研究需要—确定资助优先级—启动最具前景的医学研究—促进医学发展正是NIH的责任和工作程序。NIH听取来自社会各界的建议和意见，协助判断和选择资助对象，完善运作机制，这个过程既复杂又困难，通常称之为设置优先级（setting priorities）。

　　设置优先级：听取来自社会各界的建议和意见(包括科学家、患者、科学评审委员会、普通公众、总统、行政管理部门、科学顾问理事会、各学术团体、企业家、NIH各研究机构工作人员、国会、科学家理事会、医生及其他医务人员、企业研究人员等等)。

　　基金项目

　　NIH的根本任务就是合理使用纳税人的钱支持生物医学研究，因此，NIH需要根据其资助策略制定合理的基金分配及预算方案。其中约82%的预算用于NIH 的院外研究项目，系通过基金或协议的方式资助美国国内外2000余个研究机构；10%的预算用于NIH的院内研究项目，资助NIH内部直属实验室的2000余项研究项目，另有约8%左右的预算作为院内院外研究项目的共同基金。

　　NIH院内研究项目归院内研究处管辖，负责所有与院内研究、培训、技术转让有关的政策法规、审核、立项、实施管理及实验室、临床医院间的协调等。

　　NIH院外研究项目由院外研究处管理，负责NIH基金政策的制定、实施等。对NIH以外的研究机构主要有3种资助方式：基金(grants)、合作协议(cooperative agreements)及合同(contracts)。其中基金是最主要的资助方式，支持各种与人类健康相关的研究项目和培训计划，一般由申请者个人提出研究目标，经评审通过后获得基金支持，资助年限1～5年，资助机构不参与项目的研究过程；合作协议则事先由资助机构对研究计划提出相应规定并发布特别申请须知(RFA)，有时为了激发科学家对某些特殊领域的兴趣，还会发布项目声明(PA)；研究与开发(R&D)合同则是资助学术机构、非盈利性或商业性机构，就NIH感兴趣的特殊领域进行研究和开发，例如，抗乳腺癌和卵巢癌的化疗药物Taxol（泰素）的研发就是NIH 签署的众多协议之一。

　　NIH的研究基金分4种：

　　研究项目基金 重点资助科学家的个人申请项目，从分子、细胞生物学研究到新药研发均在其资助范围之内。包括RC1，R01，R03，R15，R21(CAN423702及423825除外)，R22，R23，R29，R33，R35， R37， R55，P01，P42，UC1，U19及自1980财政年度至今的NIGMSP41基金；自1993财政年度至今的U01基金。1990财政年度之前的NCRR和1986财政年度的NCNR基金。其中最主要的基金是R01；有的RPGs称为项目计划基金（program project grants），旨在资助多学科交叉领域的研究，由多个专家参与，各负责一个问题的研究。

　　研究中心基金 系通过研究中心进行资助，基金划拨各研究所，资助多学科医学研究和研究资源的开发，旨在将基础研究与应用研究相结合，促进基础研究成果在临床的应用。包括研究项目基金以外的所有P系列基金(P09，P01，P42，各财政年度的NLM及1986财政年度的NCNR基金除外)；全部的M系列基金；U40，U41，U42，U50，U54，R07及G12基金。

　　小企业创新研究－小企业技术转让基金包括R41，R42，R43，R44，U43，U44基金。

　　其他研究基金 研究项目基金和研究中心基金以外的、代码为D42，D43，G，K，P，R，S，T，U的其他基金。

　　各基金详情如下：

　　研修项目基金（Fellowship Programs）

　　F3少数民族及残疾人博士前个人研修基金—Individual Predoctoral National Research Service Award (NRSA) Fellowships for Minority Students and Students with Disabilities

　　F32 博士后个人研修基金--Postdoctoral Individual National Research Service Awards (NRSA)

　　F33资深研究人员国家研修基金—National Research Service Awards for Senior Fellows (NRSA)，资助对象为有经验的研究人员，旨在促进其研究事业的发展，培养良好的学术背景和研究技能。

　　F35 NIH院内研究项目中的博士后个人基金--Intramural National Research Service Awards (NRSA) Individual Postdoctoral Program

　　研究事业项目基金（Research Career Programs）

　　K01 科学家研究与培训发展基金—Research Scientist Development Awards -- Research and Training，旨在资助科学家的技能培训和事业发展。

　　K02 独立科学家基金—Independent Scientist Awards，资助刚开始独立主持研究工作的科学家和临床医生，替代了原有的K02和K04基金。

　　K06 研究事业基金—Research Career Awards，各研究所对优秀研究人员的研究事业进行的资助。

　　K08 临床科学家发展基金－Mentored Clinical Scientist Development Awards，期限3～5年，替代了原有的K08， K11 和 K15基金。

　　K22 研究学者发展基金—Research Scholar Development Award，资助学术研究机构博士后人员向助理教授发展的启动基金。

　　K23 临床研究事业发展基金—Mentored Patient-Oriented Research Career Development Award，旨在资助从事临床研究的青年科学家。