1966年10月，总后造反派以“车轮战”对他进行批斗，他支撑不住，在总后礼堂昏厥过去。幸有林彪批示：“没有我和中央军委副主席叶剑英的命令，邱会作不许下西山。”邱会作这才暂时得以脱身暂避西山。可到1967年1月19日，邱会作接到中央“文革小组”的命令，被迫从西山回到总后机关，结果又被揪斗，遭到罚跪、坐喷气式等刑罚，被打断一根肋骨，肩胛骨骨膜、两片肌肉断裂。邱会作的妻子胡敏几次电话向叶群呼救。叶群最初不愿干预：“邱会作小姘头一大串，现在人家都起来揭他，叫我们怎么说！”
　　
　　1967年1月24日，邱会作给林彪写呼救信：“向林总求救！今后仍同过去一样，只要还有一口气，就坚决跟着林副主席走！”
　　
　　林彪接信后，即与陈伯达共同签署一道手令：“立即将邱会作放出来，不得自由拘留。”1月25日凌晨，叶群持此手令到总后大院，将邱会作救出。
　　
　　对林彪的救命之恩，邱会作感激涕零。他在题为“零点得救”的日记中写道：
　　
　　“1967年1月25日零点40分，是我新生的时刻，是我一辈子、是我妻子儿女一辈子不能忘记的时刻。
　　
　　“我听到‘林副主席办公室派人叫我去’，我就知道得救了。抑制不住的感动从内心里像炸弹一样爆发出来。……我用最大的忍耐忍住了眼泪，因为我发过誓了。
　　
　　“……
　　
　　“为我事林总亲自挺身而出，并派夫人来接，以我所知全军还是头一份。写到这里，我又不能不感动，不能不流下温暖的热泪。”
　　
　　1967年3月17日，叶群又在“中央文革小组”会上力捧邱会作，称邱会作“是解放以来四个后勤部长最好的一个”。
　　
　　邱会作从此将全部政治赌注押到林彪身上。
　　
　　为了表达对林彪的忠诚和感激之情，邱会作可以说是做到了无所不用其极。1968年1月，在邱会作得救一周年的时候亲自选定了一个象牙底座的台屏晋献给林彪，并给叶群写了效忠信，表示“海枯石烂不变心”！对林彪一家的衣、食、住、行，邱会作更是全力保证。从为林彪、叶群提供特制睡衣、高级毛衣和保温拖鞋，到动用大量外汇为叶群进口两辆高级轿车，可以说是面面俱到。1969年，仅为林家买蘑菇、木耳，就花了800多元，费用全部由公家开销。在总后还专门为林彪一家设立了“特殊供应点”，陈设各种高级商品，专供林彪、叶群选用。所有这些，都是无代价地自拿自用。甚至还为林彪提供服用的毒品和给叶群提供撩拨情欲的春药。林家要为林立果选“妃子”，邱会作夫人胡敏又亲自挂帅，走遍十几个省市，到处选美，忙得不亦乐乎。邱会作真可谓是林家名副其实的“后勤部长”了。