监督评估组组长巴德年院士首先介绍了2012年国家科技重大专项监督评估工作的目的、意义和总体情况，副组长赵达生研究员代表监督评估组进行意见反馈。监督评估组充分肯定了本专项在艾滋病、病毒性肝炎、结核病的诊防治技术和相关产品研发，以及能力建设等方面取得的阶段成果，为降低“三病两率”提供了重要的科技支撑，有效提升了我国传染病防控能力。同时，就进一步加强任务的集成和衔接、强化过程管理和绩效管理等提出了意见和建议。
　　
　　陈竺部长代表专项牵头组织部门对监督评估组的工作表示感谢，对监督评估报告的内容表示赞同。针对下一阶段工作陈竺部长强调一是要进一步完善顶层设计，优化任务布局，针对结核研究进度尚不能满足实际防控需求问题，依据专项“十二五”实施计划，将组织有关专家认真梳理前期进展，瞄准国际前沿，与防控需求紧密结合，加强战略研究和研讨；二是要围绕重点任务，加强资源的集成统筹，不断以机制创新来推动科技创新解放思想，凝聚优势资源，构建富有活力和成效的创新链、疾控链和产业链；三是要进一步加强专项的精细化管理，加强与领导小组成员部门以及三部门的沟通协调，进一步完善分级管理的行政体系，确保专项规划目标顺利实现，充分发挥专项对保障人民健康和社会经济和谐发展的强大科技支撑作用。
　　
　　专职技术责任人侯云德院士也做了重要发言，表示将在“十二五”实施计划中进一步凝练目标、突出重点，并通过加强转化医学研究、确定专项统一规范和标准、增强项目关联性和集成度等措施落实举国体制的要求。